شورا بر پایه اساسنامه سه واحد عملیاتی را پیشبینی نموده که همزمان فعال بوده و وظایفی را به انجام میرسانند اما در هر بخش از دورهی گذار تنها یکی از آنها عملیات اجرایی انجام خواهد داد. ترتیب فعالیت این سه واحد عملیاتی به صورت زیر خواهد بود:
- پیشا براندازی
- واحد عملیات پیشا براندازی: فعال
- واحد عملیات گذار: در حال برنامه ریزی و آماده سازی
- واحد عملیات پسا گذار: در حال برنامه ریزی و آماده سازی
- دوران گذار
- واحد عملیات پیشا براندازی: پشتیبانی
- واحد عملیات گذار: فعال
- واحد عملیات پسا گذار: در حال برنامه ریزی و آماده سازی
- پساگذار
- واحد عملیات پیشا براندازی: پشتیبانی
- واحد عملیات گذار: پشتیبانی
- واحد عملیات پسا گذار: فعال
شورا ممکن است در دوران فعالیت خود بر حسب نیاز واحد عملیاتی جدیدی را تاسیس نماید.
واحدهای عملیاتی در قبال عملکرد خود در پایبندی به اساسنامهی شورا به عنوان قوانین پایهی سکوی عملیاتی پاسخگو بوده و شورا را به عنوان نهاد بنیانگذار و ناظر بر عملکرد خود میپذیرند.
مسیر راه عبور از جمهوری اسلامی
شورا پس از بررسی و استفاده از تجربیات پیشین اپوزیسیون و مطالعهی اقدامات دیگر نهادهای مبارز و فعالان سیاسی، همانگونه که بسیاری متخصصین باور دارند مسیر عبور از جمهوری اسلامی را در سه مرحله ارزیابی نموده است.
- مرحلهی اول - پیشا براندازی: ایجاد سازماندهی لازم و دولت در تبعید برای فراهم کردن شرایط براندازی
- مرحلهی دوم - دولت موقت گذار: به دست گرفتن کنترل و ادارهی کشور توسط دولت موقت گذار و فراهم کردن شرایط برای همهپرسیهای لازم برای رسیدن به دولت قانونی
- مرحلهی سوم - استقرا دولت قانونی: انحلال نهادهای مبارزاتی و انتقال کامل قدرت به سامانه حکمرانی جدید و مبتنی بر رای و خواست مردم